Dominando o Largo do Carmo, foi fundada, em 1713, pelo Bispo D. António Pereira da Silva nos terrenos, até então, pertencentes à Horta de São Pedro.O Padre Frei Manuel da Conceição, arquitecto carmelita, veio de Lisboa e foi o responsável pela traça da igreja. 

Nos meados do século XVIII procedeu-se a um acréscimo do corpo da igreja, tendo-se destruído a anterior fachada. No seu lugar, a partir de 1747, foi edificado um novo espaço de grande dinamização, sendo responsável por esta obra, pela concepção do « risco» da nova fachada e pela sua execução o mestre pedreiro Diogo Tavares.O prolongamento das obras provocou alterações ao projecto inicial: o último piso foi feito em 1775, a torre nascente nos princípios do século XIX e a outra em 1878. 

A talha foi a manifestação artística mais utilizada nesta igreja, tendo nela trabalhado os melhores escultores da região, com realce para a oficina de Manuel Martins.Merecem ainda referência a ornamentação da sacristia, o acervo de imaginária da Procissão do Triunfo e a capela dos ossos.