Situado na Rua Serpa Pinto, antes Rua dos Capuchos, foi construído a partir de 1620. 

Aquando da construção da cerca seiscentista ficou no seu interior. 

Com o Liberalismo, foi ocupado e remodelado pela Guarda Nacional Republicana; serviu também de cadeia comarcã. 

De realçar o pequeno claustro e a igreja, que representa uma interessante ornamentação barroca com manifestações de talha e de azulejaria. 

No interior esteve instalado o Museu Arqueológico e Lapidar Infante D. Henrique, desde 1914 até que, em 1973, o espólio foi transferido para as actuais instalações, no antigo Convento de Nossa Senhora da Assumção. 

A igreja do Convento dos Capuchos tem, hoje, funções funerárias exclusivamente.