Situada na Avenida da República, junto ao antigo porto de mar, a primitiva alfândega foi construída em 1499, o ano em que D. Manuel I reestruturou a vila de Faro, tendo mandado construir, na Praça Nova, o hospital e mais tarde a Misericórdia, um acougue ( talho) e a alfândega. Para aqui foram transferidos as praças de venda, que deixaram definitivamente a Praça Velha, nas Alcaçarias. 

o actual edifício data dos meados do século XIX. A zona central apresenta dois pisos, enquanto que as laterais só têm o piso térreo. O eixo é realçado por uma escada exterior, com dois lanços, que conduz a um portal rematado pelo brasão nacional. De referir, também, as janelas de sacada do andar nobre e a cobertura com telhados de quatro águas.