Temendo alguma acção militar dos espanhóis como represália à Restauração de 1640, «a cidade de Faro começou a se fortificar (…) de cinco baluartes e dois meios que a cobrem de mar a mar» (Carta do Governador do Algarve ao Rei de Portugal, de 14. 05. 1662). 

O prossessivo abandono, aliado à acção devastadora do terramoto de 1755, levaram à destruição das muralhas e ao enchimento das valas circundantes. 

Não obstante, em 1834, aquando da guerra civil entre Liberais e Miguelistas, algumas partes da cerca terem sido consolidadas, apenas chegaram aos nossos dias alguns troços situados entre a ermida do Pé da Cruz e o Convento de S. Francisco, prevendo-se a sua recuperação e o arranjo urbanístico da área envolvente.