À semelhança do que acontecia com os restantes templos dedicados a S. Sebastião, protector das pestes, situava-se nos arrabaldes da cidade. Aquando da construção da cerca seiscentista ficou propositadamente de fora, passando os muros e as respectivas valas a poucos metros de distância para proteger o vizinho convento dos Capuchos. Do primitivo templo medieval resta apenas uma capela lateral, sendo do século XVIII as mais importantes remodelações. Foi sede de duas confrarias: a de São Sebastião, administrada pela Câmara Municipal e a de São Roque, a cargo dos militares. O seu interior apresenta elementos característicos da época barroca na talha e na azulejaria.