Situa-se na zona ribeirinha, no Largo de São Pedro. A primitiva ermida medieval, mandada fazer pelos mareantes, foi totalmente reconstruída nos meados do século XVI. 

O novo templo passou a ser a sede da recém-criada freguesia de São Pedro, que foi entregue à Ordem Militar de São Tiago, em troca da cedência da Igreja Matriz em Santa Maria para assento episcopal. 

Os efeitos do terramoto de 1755 foram tão graves que originaram profundas modificações arquitectónicas, realçando-se, nesta intervenção, o carácter revivalista, próximos dos valores da arquitectura chã dos finais do século XVI. 

As novas colunas foram feitas em 1760, imitando as da Igreja da Sé. 

Foi responsável por esta reconstrução o mestre entalhador farense Manuel Francisco Xavier.

Conserva, no seu interior, significativas manifestações dos séculos XVII e XVIII, com realce para a capela-mor e para as capelas do Santíssimo Sacramento e de Nossa Senhora da Vitória.