Situada na Vila-Adentro, no Largo da Sé, a Igreja Matriz de Santa Maria foi mandada construir após a Reconquista Cristã, por D. João Viegas, Arcebispo de Braga, que, para o efeito, enviou para Faro os dominicanos Frei Paio e Frei Pedro. Algum tempo depois, foi entregue à Ordem Militar de São Tiago, que promoveu diversas intervenções, sendo as duas capelas góticas e o primeiro piso da torre fronteira à fachada principal, marcas do século XV. 

No ano de 1577, tornou-se sede do assento episcopal, tendo o Bispo e o Cabido vindo de Silves. Em 1596, este templo foi arruinado, devido às invasões das tropas inglesas do Conde de Essex, que saquearam e incendiaram toda a cidade. Reconstruíram-se as colunas e os respectivos arcos, tendo-se mantido diversas capelas, que foram remodeladas nos séculos XVII e XVIII. Os terramotos de 1722 e 1755 motivaram, igualmente, importantes campanhas de obras. 

Os Bispos e o Cabido, assim como as Confrarias do Santíssimo, das Almas e de Nossa Senhora do Rosário dos Pretos, promoveram a ornamentação das próprias capelas. 

Na Sé Catedral de Faro pode ainda ser apreciado um dos melhores conjuntos de talha e de esculturas do Algarve.